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奧地利公開發布SARS-CoV-2病毒的第一個基因組序列

奧地利首批21個SARS-CoV-2基因組現已完成,并在奧地利科學院分子醫學研究中心CeMM最近發起的“ SARS-CoV-2突變動力學”項目的范圍內發布與維也納醫科大學緊密合作。該項目旨在對從奧地利患者來源的樣本中獲得的1000個病毒基因組進行測序,以了解有關COVID-19大流行和致病菌的分子理解的更多信息。該項目的結果將把奧地利病毒基因組數據整合到SARS-CoV-2突變的全球圖譜中,這將有助于破譯COVID-19大流行背后的突變動力學。

冠狀病毒SARS-CoV-2引起的COVID-19爆發已于2020年3月12日被世界衛生組織(WHO)宣布為大流行病。據認為,該病已從野生動物傳播給人類,已在中國湖北省傳播在2019年11月。已有180多個國家受到影響,COVID-19疾病已經造成成千上萬人死亡。

為了了解該病毒在人類中的進化,國際研究界已開始公開提供循環SARS-CoV-2病毒的基因組序列。迄今為止,尚未報告來自奧地利的分離株的病毒基因組,這在全球傳播途徑和該病毒的進化的比較分析中存在相當大的差距。為了克服這個問題,CeMM首席研究員Andreas Bergthaler和Christoph Bock發起了一項合作項目,目的是使用先進的下一代測序技術和復雜的計算分析方法來闡明奧地利患者的SARS-CoV-2基因組。

我們與維也納醫科大學病毒學中心一起,開發了一種快速反應策略,以一種時間有效的方式從患者體內產生SARS-CoV-2全基因組序列。這解決了有關國家公共衛生問題和醫學研究的有關問題,例如跟蹤由SARS-CoV-2引起的急性呼吸道疾病不同階段的感染鏈或時間分辨病毒分析。”

項目負責人兼CeMM首席研究員Andreas Bergthaler

來自奧地利的29,900個核苷酸長的SARS-CoV-2基因組的初步序列分析顯示,平均有6個突變與2019年12月在中國湖北省省會武漢市分離的參考基因組不同。觀察到的突變數與最近報道的其他SARS-CoV-2基因組一致。觀察到的大多數突變都會導致病毒蛋白的變化,為正向選擇壓力和人類群體進化提供了證據。評估這些突變對病毒生命周期的實際影響及其與宿主和免疫系統的相互作用將在未來的研究范圍之內。正在進行的深入基因組分析集中于突變熱點,

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